仕事で注文した商品が届いたので、報告を兼ねてお礼のメールを送ったら、相手の業者さんから「商品が無事、到着されたとのこと、ご連絡ありがとうございます。」と返信がありました。
返信も早く、丁寧でいい業者さんです！
でもちょっと残念。文章におかしいところがあります。
「商品が到着した」のですから、「商品が到着された」と言ってしまうと、敬っている相手は商品になります。しかし、商品を敬っても仕方ない、というよりそれは変ですから、この場合は
「商品が無事、到着したとのこと、ご連絡ありがとうございます。」
と言えば十分でした。「連絡」を「ご連絡」としたことで、相手への敬意はちゃんと表現しています。
もっと丁寧に表現したいときはどんな言い方をすればいいでしょうか。
まず、文を「商品が」ではなく「商品を」で初めてみましょう。
「商品を無事、（あなたが）受け取られたとのこと、ご連絡ありがとうございます。」あたりが良さそうです。
「受け取られた」は、「お受け取りになった」でもいいですね。
ほかにも良い表現はあると思いますので、探してみましょう。